ALIGNMENT 1/10
	SCORE: 10024
	STRAND: -
	base: 5589-5791 (203 bps)
	second: 778-955 (178 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 85.71% (150/175)
		Mismatches =  14.29% (25/175)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/175)
		base: 5589-5791 (203 bps)
		second: 9689-9866 (178 bps)

       5590      5600                  5620      5630      5640      
base     CAGGCTCCTCCCCCCCGGCGATGACACT-----AGAACCTCCTTAAGTTGCGTCGCGCCA
         |||||:||:|||||||::|||||||||:     |||:|||||||||||||||||||||||
second   CAGGCCCCGCCCCCCCACCGATGACACCTACACAGACCCTCCTTAAGTTGCGTCGCGCCA
            9860      9850        5620      9830      9820      9810 

         5650      5660      5670      5680      5700      5710      
base     CAGCTGTCTGCGAACACTGAGCTGCCTGGCGCCGTCTTGAAAGAATGCATTCCCTGTAAA
         |||:|||||||:|:||:||||||||||||||||:||:|||||||||||:|||:|||||||
second   CAGTTGTCTGCAAGCATTGAGCTGCCTGGCGCCATCCTGAAAGAATGCCTTCACTGTAAA
              9800      9790      9780      9770      9760      9750 

         5      5740      5750      5760      57      5780      5790 
base     AAAAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAAGAAGAGAGAGAGACGGAGAGAGCGAGACAGAGC
         |||||||||||:|||||:::|||||||::||||||:|||::|||||||||::||||||||
second   AAAAGAGAGAGAGAGAGGTGGAGAGAAAGAGAGAGGGAGGTGGAGAGAGCCTGACAGAGC
              9740      9730      9720      9710      9700      9690 

######################################################################

ALIGNMENT 2/10
	SCORE: 13457
	STRAND: -
	base: 6626-6876 (251 bps)
	second: 1560-1804 (245 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 78.78% (193/245)
		Mismatches =  21.22% (52/245)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/245)
		base: 6626-6876 (251 bps)
		second: 8840-9084 (245 bps)

          6630      6640      6650      6660             6680        
base     ATGGAGGTGACGGCGGACCAGCCGCGCTGGGTGAGCCACCACCCCGCCGTGCTCAACGGG
         |||||:||:|::|||||||||||:||:|||:|||||||:||||||||:|||||:||||:|
second   ATGGAAGTAAGCGCGGACCAGCCTCGGTGGATGAGCCATCACCCCGCGGTGCTAAACGAG
          9080      9070      9060      9050      9040      9030     

       6690      6700      6710      6720      6730      6740        
base     CAGCACCCGGACACGCACCACCCGGGCCTCAGCCACTCCTACATGGACGCGGCGCAGTAC
         ||||||||:|:|:|:||||||||||||:||:|||||||:|||||||||:|::||||||||
second   CAGCACCCCGGCTCTCACCACCCGGGCTTCGGCCACTCTTACATGGACCCTTCGCAGTAC
          9020      9010      9000      8990      8980      8970     

       6750      6760      6770      6780      6790      6800        
base     CCGCTGCCGGAGGAGGTGGATGTGCTTTTTAACATCGACGGTCAAGGCAACCACGTCCCG
         ||:||::|:||:||:||||||||:||:|||||:|||||:||:||:||:|||||||||:|:
second   CCCCTCGCTGACGATGTGGATGTACTCTTTAATATCGATGGACAGGGGAACCACGTCTCC
          8960      8950      8940      8930      8920      8910     

       6810      6820      6      6840      6850      6860      6870 
base     CCCTACTACGGAAACTCGGTCAGGGCCGTGCAGAGGTACCCTCCGACCCACCACGGTGAG
         :||||:||||||||:||:|||:||:||||:|||||:||||||||::|:|::|||:||:||
second   TCCTATTACGGAAAGTCAGTCCGGCCCGTCCAGAGCTACCCTCCACCTCCTCACAGTAAG
          8900      8890      8880      8870      8860      8850     

                                                                     
base     TGCGC
         |:|||
second   TCCGC
          8840                                                       

######################################################################

ALIGNMENT 3/10
	SCORE: 26551
	STRAND: -
	base: 9256-9826 (571 bps)
	second: 2260-2826 (567 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 74.82% (422/564)
		Mismatches =  25.18% (142/564)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/564)
		base: 9256-9826 (571 bps)
		second: 7818-8384 (567 bps)

                9270      9280      9290      9300      9310         
base     TTTCCCCCCCCACAGGGAGCCAGGTGTGCCGCCCGCCTCTGCTTCATGGATCCCTACCCT
         |||||||||||:||||:||||||||||||||:||::|::|:||:||:||:||:||:||||
second   TTTCCCCCCCCCCAGGTAGCCAGGTGTGCCGTCCCTCGTTACTGCACGGCTCTCTGCCCT
          8380      8370      8360      8350      8340      8330     

      9320      9330      9340      9350      9360      9370         
base     GGCTGGACGGCGGCAAAGCCCTGGGCAGCCACCACACCGCCTCCCCCTGGAATCTCAGCC
         |||||||:|||:||||||:|:|:|:|:::|||||||:|:|:||:||||||||:||:||||
second   GGCTGGAGGGCAGCAAAGGCATCGCCCCGCACCACAGCACTTCACCCTGGAACCTGAGCC
          8320      8310      8300      8290      8280      8270     

      9380      9390      9400      9410      9420      9430         
base     CCTTCTCCAAGACGTCCATCCACCACGGCTCCCCGGGGCCCCTCTCCGTCTACCCCCCGG
         ||||||||||||:::||:|:||||||||||||||||::::|||:||||||||||||||||
second   CCTTCTCCAAGAACCCCCTGCACCACGGCTCCCCGGCCAGCCTGTCCGTCTACCCCCCGG
          8260      8250      8240      8230      8220      8210     

      9440           9450      9460      9470      9480      9490    
base     CCTCGTCC-----TCCTCCTTGTCGGGGGGCCACGCCAGCCCGCACCTCTTCACCTTCCC
         ||||:|||     ||||||:||||::::||:|||:|||||||||||||||||||||||||
second   CCTCTTCCAGACGTCCTCCCTGTCCACCGGACACTCCAGCCCGCACCTCTTCACCTTCCC
          8200        8190      8180      8170      8160      8150   

           9500      9510      9520      9530      9540      9550    
base     GCCCACCCCGCCGAAGGACGTCTCCCCGGACCCATCGCTGTCCACCCCAGGCTCGGCCGG
         :||:||:||:||:||:|||||:||||||||||||::::|:|||||:||::||||:::|:|
second   CCCGACGCCCCCCAAAGACGTGTCCCCGGACCCAGGCATCTCCACGCCGAGCTCCAGCAG
            8140      8130      8120      8110      8100      8090   

           9560      9570      9580      9590      9600      9610    
base     CTCGGCCCGGCAGGACGAGAAAGAGTGCCTCAAGTACCAGGTGCCCCTGCCCGACAGCAT
         |||:|::|||||:||:||:|||||||||:|:||||||||:|||:|||||:||||:|||||
second   CTCCGGACGGCAAGAGGACAAAGAGTGCATAAAGTACCAAGTGACCCTGGCCGAGAGCAT
            8080      8070      8060      8050      8040      8030   

           9620      9630             9650      9660      9670       
base     GAAGCTGGAGTCGTCCCACTCCCGTAGCATGACCGCCCTGGGTGGAGCCTCCTCGTCGAC
         |||:||||||||::|:|||::|||:|:|:||:|::|:||:||:|:||::||:||:||::|
second   GAAACTGGAGTCCGCGCACAGCCGGAACGTGGCGTCTCTCGGAGCAGGGTCTTCCTCTGC
            8020      8010      8000      7990      7980      7970   

        9680      9690      9700      9710      9720      9730       
base     CCACCACCCCATCACCACCTACCCGCCCTACGTGCCCGAGTACAGCTCCGGACTCTTCCC
         |||||||||||||:||||:|||||:||:||:||:|||||:|||:||:|:||:||||||||
second   CCACCACCCCATCGCCACATACCCTCCTTATGTCCCCGAATACGGCCCAGGCCTCTTCCC
            7960      7950      7940      7930      7920      7910   

        9740      9750      9760      9770      9780      9790       
base     CCCCAGCAGCCTGCTGGGCGGCTCCCCCACCGGCTTCGGATGCAAGTCCAGGCCCAAGGC
         :||:||:||||||:|:||:||:|||||::|::|:|::||:|:|||::|:|||||:||::|
second   ACCAAGTAGCCTGATAGGTGGGTCCCCTTCTAGTTATGGTTCCAAAACAAGGCCAAAATC
            7900      7890      7880      7870      7860      7850   

        9800      9810      9820                                     
base     CCGGTCCAGCACAGGTAGGAGCCAGCTCT
         ::|||||:|::||||||||:|:::|||:|
second   AAGGTCCTGTTCAGGTAGGCGTGCGCTTT
            7840      7830      7820                                 

######################################################################

ALIGNMENT 4/10
	SCORE: 4079
	STRAND: -
	base: 11096-11223 (128 bps)
	second: 3085-3195 (111 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 73.87% (82/111)
		Mismatches =  26.13% (29/111)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/111)
		base: 11096-11223 (128 bps)
		second: 7449-7559 (111 bps)

         11100     11110         11130     11140     11150     11160 
base     CCGACTGCCTGAGCAGGACTGTCTCGTTGATATGTTTTAGCTAATCCAATTATTTTCAGA
         ||::||::|||:||:|::::|:|:||||:||||||||:||:||||||:||||:|:||:||
second   CCAGCTCTCTGGGCTGTGTCGCCCCGTTTATATGTTTAAGGTAATCCCATTACTGTCGGA
               7550      7540      7530      7520      7510      7500

             11170     11180     11190     11200     11220           
base     CTGCTGCACGCGACAGTTGCATTGTTTATCCTGAGCC-GGAACTCCGGATGC
         |:::|||||||:|||||||||:||||||:||:|:|:| |||:||||||||||
second   CCAGTGCACGCCACAGTTGCACTGTTTACCCAGCGGCTGGAGCTCCGGATGC
               7490      7480      7470       7460      7450         

######################################################################

ALIGNMENT 5/10
	SCORE: 12121
	STRAND: -
	base: 14944-15207 (264 bps)
	second: 3970-4242 (273 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 75.97% (196/258)
		Mismatches =  24.03% (62/258)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/258)
		base: 14944-15207 (264 bps)
		second: 6402-6674 (273 bps)

           14950     14960     14970     14980     14990     15000   
base     TCTGTGCTTTTGTTTCCAGAAGGCAGGGAGTGTGTGAACTGTGGGGCAACCTCGACCCCA
         ||:|||::|||:|:::||||:||:||:|||||:||||||||:|||||:||:||||||||:
second   TCCGTGTGTTTCTCCGCAGAGGGAAGAGAGTGCGTGAACTGCGGGGCCACGTCGACCCCC
          6670      6660      6650      6640      6630      6620     

           15010     15020     15030     15040     15050     15060   
base     CTGTGGCGGCGAGATGGCACGGGACACTACCTGTGCAACGCCTGCGGGCTCTATCACAAA
         ||||||:||||:||:||:|||||:|||||:|||||:|||||||||||:|||||||||||:
second   CTGTGGAGGCGGGACGGTACGGGTCACTATCTGTGTAACGCCTGCGGACTCTATCACAAG
          6610      6600      6590      6580      6570      6560     

           15070     15080     15090     15100     15110     15120   
base     ATGAACGGACAGAACCGGCCCCTCATTAAGCCCAAGCGAAGGCTGGTAAGTTCTCGGGAA
         ||||||||:||||||||:||:|||||:|||||||||||::||||||||:||:::|:::|:
second   ATGAACGGGCAGAACCGCCCTCTCATCAAGCCCAAGCGGCGGCTGGTACGTCTCCACCAC
          6550      6540      6530      6520      6510      6500     

                     15140     15150            15160     15170      
base     GGTTCCA------TGCTGACCATTCTGGGTTTCTC-------ATTTCCTCTCTTCCGGAA
         ::|||:|      ||:||||::|||:|::|:||||       :|||||:|:||:|:||||
second   CTTTCTAATGTGCTGATGACGTTTCCGTCTCTCTCTGTCTGTTTTTCCCCCCTCCAGGAA
          6490        6480      6470        6460      6450      6440 

                15180     15190     15200                            
base     GGA--------CAGCTTTCTGCAGGAAATTGACAGGATA
         |:|        |:::|::|||||||||||||||::||:|
second   GAAGTGTAGGCCTATTAGCTGCAGGAAATTGACCCGACA
        15      6430      6420      6410                             

######################################################################

ALIGNMENT 6/10
	SCORE: 3537
	STRAND: -
	base: 14966-15069 (104 bps)
	second: 5269-5376 (108 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 68.27% (71/104)
		Mismatches =  31.73% (33/104)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/104)
		base: 14966-15069 (104 bps)
		second: 5268-5375 (108 bps)

         14970           14980     14990     15000     15010         
base     GCAGGGA------GTGTGTGAACTGTGGGGCAACCTCGACCCCACTGTGGCGGCGAGATG
         ||:||||      |||:|:|||||||::::|:||::||||::|:|||||||||:||:|:|
second   GCGGGGACTCGTCGTGCGCGAACTGTCAAACCACAACGACGACGCTGTGGCGGAGAAACG
           5370        5360      5350      5340      5330      5320  

     15020     15030     15040     15050     15060                   
base     GCACGGGACACTACCTGTGCAACGCCTGCGGGCTCTATCACAAAATGAAC
         ::|::||::||::::|:||||||||||||||:|||||:::||||:||:||
second   CGAACGGGGACCCGGTTTGCAACGCCTGCGGCCTCTACTTCAAACTGCAC
             5310      5300      5290      5280      5270            

######################################################################

ALIGNMENT 7/10
	SCORE: 8967
	STRAND: -
	base: 20418-20574 (157 bps)
	second: 5222-5385 (164 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 78.34% (123/157)
		Mismatches =  21.66% (34/157)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/157)
		base: 20418-20574 (157 bps)
		second: 5259-5422 (164 bps)

       20420     20430     20440              20450     20460        
base     CCCTCTCCTCTCTCCCCACTCTC---------AGTCTGCAGCCAGGAGAGCAGGGACGTC
         |||:||:|:|:|:||||:||:||         ||||:|||||:|||:|:||:||||||||
second   CCCCCTTCCCCCCCCCCCCTGTCTGGTTGTGCAGTCCGCAGCTAGGCGTGCGGGGACGTC
        5420      5410       20440      5390      5380      5370     

      20470     20480     20490     20500     20510     20520        
base     CTGTGCGAACTGTCAGACCACCACAACCACACTCTGGAGGAGGAATGCCAATGGGGACCC
         :||:|||||||||||:|||||:||:||:||:||:|||:||||:||:||:||:||||||||
second   GTGCGCGAACTGTCAAACCACAACGACGACGCTGTGGCGGAGAAACGCGAACGGGGACCC
          5360      5350      5340      5330      5320      5310     

      20530     20540     20550     20560     20570                  
base     TGTCTGCAATGCCTGTGGGCTCTACTACAAGCTTCACAATGTAAGT
         :||:|||||:|||||:||:|||||||:|||:||:||||||||:|||
second   GGTTTGCAACGCCTGCGGCCTCTACTTCAAACTGCACAATGTGAGT
          5300      5290      5280      5270      5260               

######################################################################

ALIGNMENT 8/10
	SCORE: 3392
	STRAND: -
	base: 20470-20559 (90 bps)
	second: 4000-4089 (90 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 65.56% (59/90)
		Mismatches =  34.44% (31/90)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/90)
		base: 20470-20559 (90 bps)
		second: 6555-6644 (90 bps)

     20470     20480     20490     20500     20510     20520         
base     TGTGCGAACTGTCAGACCACCACAACCACACTCTGGAGGAGGAATGCCAATGGGGACCCT
         ||:|:||||||:::|:||||::|:|||:|:||:||||||:||:|:|::|::||::||::|
second   TGCGTGAACTGCGGGGCCACGTCGACCCCCCTGTGGAGGCGGGACGGTACGGGTCACTAT
          6640      6630      6620      6610      6600      6590     

     20530     20540     20550                                       
base     GTCTGCAATGCCTGTGGGCTCTACTACAAG
         :|:||:||:|||||:||:|||||::|||||
second   CTGTGTAACGCCTGCGGACTCTATCACAAG
          6580      6570      6560                                   

######################################################################

ALIGNMENT 9/10
	SCORE: 16374
	STRAND: -
	base: 24698-25012 (315 bps)
	second: 7540-7859 (320 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 78.69% (240/305)
		Mismatches =  21.31% (65/305)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/305)
		base: 24698-25012 (315 bps)
		second: 2785-3104 (320 bps)

       24700     24710     24720     24730     24740     24750       
base     TCTTTGTTTAGATTAACAGACCCCTGACTATGAAGAAGGAAGGCATCCAGACCAGAAACC
         |||:|:|::||||:|||:||||:|||||:|||||:||||||||||||||:|||:|:||||
second   TCTGTCTCCAGATCAACCGACCTCTGACCATGAAAAAGGAAGGCATCCAAACCCGGAACC
          3100      3090      3080      3070      3060      3050     

       24760     24770     24780     24790     24800     24810       
base     GAAAAATGTCTAGCAAATCCAAAAAGTGCAAAAAAGTGCATGACTCACTGGAGGACTTCC
         |:||:|||||:|:|||:|||||:|||:|||||||::::||:|||::::||||:||||||:
second   GGAAGATGTCCAACAAGTCCAAGAAGAGCAAAAAGTCCCAGGACAGCATGGACGACTTCT
          3040      3030      3020      3010      3000      2990     

       24820                      24830     24840     24850     24860
base     CCAAGAAC-----------------AGCTCGTTTAACCCGGCCGCCCTCTCCAGACACAT
         ||||||:|                 |||||:||:|:||||||||||||:|||:|:|||||
second   CCAAGAGCTGCTGATGGACAAGAGCAGCTCCTTCAGCCCGGCCGCCCTGTCCCGCCACAT
          2980        2970      2960      2950      2940      2930   

               24880     24890     24900     24910     24920         
base     GTCCTCCCTCTCGCCCTTCAGCCACTCCAGCCACATGCTGACCACGCCCACGCCGATGCA
         |||||||:||:||||||||:::||||||:||||||||:|||||||||||||:||:|||||
second   GTCCTCCTTCCCGCCCTTCTCACACTCCGGCCACATGTTGACCACGCCCACACCCATGCA
            2920      2910      2900      2890      2880      2870   

     24930     24940     24950     24960     24970     24980         
base     CCCGCCATCCAGCCTGTCCTTTGGACCACACCACCCCTCCAGCATGGTCACCGCCATGGG
         |||::|:||||||||::|:||||::||:||||||||:|||||:|||||||||||||||||
second   CCCCTCCTCCAGCCTCCCGTTTGCCCCCCACCACCCTTCCAGTATGGTCACCGCCATGGG
            2860      2850      2840      2830      2820      2810   

     24990     25000     25010                                       
base     TTAG-GCCCTGCTCGATGCTCAC
         |||| ||:::||:||:||:::||
second   TTAGTGCATCGCCCGCTGTCGAC
             2800      2790                                          

######################################################################

ALIGNMENT 10/10
	SCORE: 8745
	STRAND: -
	base: 25637-25901 (265 bps)
	second: 8391-8670 (280 bps)
	CONSERVATION (:base: stats)
		Matches = 69.32% (183/264)
		Mismatches =  30.68% (81/264)
		Gapped nucleotides = 0.00% (0/264)
		base: 25637-25901 (265 bps)
		second: 1974-2253 (280 bps)

        25640     25650     25660     25670     25680     25690      
base     TACATGCTTTGTGAACAAGTCCCTGTAATTGTTGTTTGTATGTATAATTCAAAGCACCA-
         ||:||||:|||||||:||||:||||||:|||||:|||||||||||||:|||:||:|||| 
second   TATATGCATTGTGAAAAAGTTCCTGTATTTGTTATTTGTATGTATAAATCAGAGTACCAT
         2250      2240      2230      2220      2210      2200      

                  25700     25710     25720     25730     25740      
base     ---------AAATAAGAAAAGATGTAGATTTATTTCATCATATTATACAGACCGAACTGT
                  ||||||::|||||||||||:|||||||:|:||:||||:|||||:|||::|:
second   TAAAATACGAAATAAACAAAGATGTAGAATTATTTCTTTATGTTATGCAGACTGAATGGC
           2190      2180      2170      2160      2150      2140    

        25750          25760     25770          25780     25790      
base     TGTATAAATT-----TATTTACTGCTAGTCTTAAG-----AACTGCTTTCTTTCGTTTGT
         ||||:|||||     ||:|:|:::|||||:|:||:     :|||||:||||||:||||::
second   TGTAAAAATTAATAATAATAATCACTAGTGTAAAATCTATGACTGCCTTCTTTTGTTTCG
           2130        2120      2110        2100      2090      2080

        25800     25810     25820     25830     25840     25850      
base     TTGTTTCAATATTTTCCTTCTC-CTCAATTTTTGGTTGAATAAACTAGATTACATTCAGT
         |::||:|::::|:::||::||| |:||::|||::::::||||||||||:|||:::||:||
second   TAATTCCCCCCTCCCCCGCCTCACCCACCTTTGAAAATAATAAACTAGTTTAATCTCTGT
               2070      2060       2050      2040      2030         

        25860     25870         25880     25890     25900            
base     TGGCCTAAGGTGGTTGTGCT----CGGAGGGTTTCTTGTTTCTTTTCCA
         ||:|:|::::::|:||||:|    ||::::||:|:||:|:|||::|:||
second   TGACATGTTAGCGCTGTGTTGAACCGAGCCGTCTTTTCTGTCTCCTTCA
      2020      2010        2000      1990      1980                 

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